Fakultetom upravljaju dekan i Fakultetsko vijeće. Dekan je čelnik Fakulteta, predstavlja i zastupa Fakultet te odgovara za zakonitost rada. Dekan ima ovlasti i obveze ravnatelja ustanove. Ovlasti dekana utvrđene su Zakonom, Statutom Sveučilišta i Statutom Fakulteta. Dekanu u upravljanju pomažu prodekani i pomoćnici dekana te Dekanski kolegij. Fakultetsko vijeće je stručno vijeće koje čine: dekan, prodekani, predstojnici zavoda i pročelnici samostalnih katedri, izabrani predstavnici zaposlenika na znanstveno-nastavnim, nastavnim i suradničkim radnim mjestima, izabrani predstavnici studenata te izabrani predstavnik ostalih zaposlenika.
Fakultetsko vijeće za proučavanje i pripremanje pojedinih pitanja te za obavljanje drugih poslova iz svojega područja djelovanja može osnivati stalne i povremene odbore i povjerenstva.
Na Fakultetu su ustrojeni sljedeći odbori:
Na Fakultetu su ustrojena sljedeća povjerenstva:
Fakultet je svojim ustrojem jedinstvena javna ustanova. Ustrojstvene jedinice su:
unutrašnje ustrojstvene jedinice: zavodi, katedre i laboratoriji,
vanjske ustrojstvene jedinice-nastavne baze: klinike i klinički zavodi,
stručno-administrativne ustrojstvene jedinice: Tajništvo i Ured dekana,
središnja stomatološka knjižnica.
Fakultet ima sljedeće zavode:
1. Zavod za dentalnu antropologiju, u kojem djeluje i:
Katedra za forenzičku stomatologiju
Katedra za socijalnu medicinu i oralnu epidemiologiju
Laboratorij za tvrda zubna tkiva
2. Zavod za dječju i preventivnu stomatologiju
3. Zavod za endodonciju i restaurativnu stomatologiju, u kojem djeluje i:
Laboratorij za dentalne materijale
4. Zavod za fiksnu protetiku
Zubotehnički laboratorij za fiksnu protetiku
5. Zavod za mobilnu protetiku
Zubotehnički laboratorij za mobilnu protetiku
6. Zavod za oralnu kirurgiju, u kojem djeluje i:
Katedra za anesteziologiju i reanimatologiju
Katedra za maksilofacijalnu kirurgiju
7. Zavod za oralnu medicinu
8. Zavod za ortodonciju
Zubotehnički laboratorij za ortodonciju
9. Zavod za parodontologiju
Fakultet u svom sastavu ima sljedeće samostalne katedre u nastavnim bazama:
Katedra za dermatovenerologiju
Katedra za farmakologiju
Katedra za fiziologiju
Katedra za ginekologiju i opstetriciju
Katedra za imunologiju
Katedra za infektologiju
Katedra za internu medicinu
Katedra za kirurgiju
Katedra za kliničku mikrobiologiju
Katedra za neurologiju
Katedra za oftalmologiju
Katedra za onkologiju i nuklearnu medicinu
Katedra za opću i dentalnu radiologiju
Katedra za opće i društvene predmete
Katedra za otorinolaringologiju
Katedra za patofiziologiju
Katedra za patologiju
Katedra za pedijatriju
Katedra za psihijatriju s medicinskom psihologijom
Katedre medicinskih kolegija koje na temelju vanjske suradnje s Medicinskim fakultetom Sveučilišta u Zagrebu izvode nastavu na Fakultetu su:
Katedra za anatomiju
Katedra za biofiziku
Katedra za biokemiju
Katedra za biologiju
Katedra za histologiju s embriologijom Katedra za kemiju
Katedra za statistiku i informatiku