Fakultetom upravljaju dekan i Fakultetsko vijeće. Dekan je čelnik Fakulteta, predstavlja i zastupa Fakultet te odgovara za zakonitost rada. Dekan ima ovlasti i obveze ravnatelja ustanove. Ovlasti dekana utvrđene su Zakonom, Statutom Sveučilišta i Statutom Fakulteta. Dekanu u upravljanju pomažu prodekani i pomoćnici dekana te Dekanski kolegij. Fakultetsko vijeće je stručno vijeće koje čine: dekan, prodekani, predstojnici zavoda i pročelnici samostalnih katedri, izabrani predstavnici zaposlenika na znanstveno-nastavnim, nastavnim i suradničkim radnim mjestima, izabrani predstavnici studenata te izabrani predstavnik ostalih zaposlenika.
Fakultetsko vijeće za proučavanje i pripremanje pojedinih pitanja te za obavljanje drugih poslova iz svojega područja djelovanja može osnivati stalne i povremene odbore i povjerenstva.
Na Fakultetu su ustrojeni sljedeći odbori:
- Etički odbor,
- Odbor za doktorski studij,
- Odbor za izbor nastavnika,
- Odbor za međunarodnu suradnju,
- Odbor za nastavu i studente,
- Odbor za projekte,
- Odbor za sveučilišne specijalističke studije,
- Odbor za upravljanje kvalitetom i
- Odbor za znanost.
Na Fakultetu su ustrojena sljedeća povjerenstva:
- Povjerenstvo za diplomske radove,
- Povjerenstvo za e-učenje i digitalizaciju,
- Povjerenstvo za informiranje i marketing,
- Povjerenstvo za izdavačku djelatnost,
- Povjerenstvo za izradu standarda kvalifikacije doktora dentalne medicine u skladu s Hrvatskim kvalifikacijskim okvirom,
- Povjerenstvo za knjižnicu,
- Povjerenstvo za organizaciju i provedbu cjeloživotnog obrazovanja,
- Povjerenstvo za procjenu studijskih programa s visokih učilišta iz non-EU zemalja,
- Povjerenstvo za priznavanje inozemnih stručnih kvalifikacija doktora dentalne medicine,
- Povjerenstvo za sport i rekreaciju,
- Povjerenstvo za sudbena pitanja i
- Povjerenstvo za uvođenje studenata u znanstveni rad.
Fakultet je svojim ustrojem jedinstvena javna ustanova. Ustrojstvene jedinice su:
-
unutrašnje ustrojstvene jedinice: zavodi, katedre i laboratoriji,
-
vanjske ustrojstvene jedinice-nastavne baze: klinike i klinički zavodi,
-
stručno-administrativne ustrojstvene jedinice: Tajništvo i Ured dekana,
-
središnja stomatološka knjižnica.
Fakultet ima sljedeće zavode:
1. Zavod za dentalnu antropologiju, u kojem djeluje i:
-
Katedra za forenzičku stomatologiju
-
Katedra za socijalnu medicinu i oralnu epidemiologiju
-
Laboratorij za tvrda zubna tkiva
2. Zavod za dječju i preventivnu stomatologiju
3. Zavod za endodonciju i restaurativnu stomatologiju, u kojem djeluje i:
-
Laboratorij za dentalne materijale
4. Zavod za fiksnu protetiku
-
Zubotehnički laboratorij za fiksnu protetiku
5. Zavod za mobilnu protetiku
-
Zubotehnički laboratorij za mobilnu protetiku
6. Zavod za oralnu kirurgiju, u kojem djeluje i:
-
Katedra za anesteziologiju i reanimatologiju
-
Katedra za maksilofacijalnu kirurgiju
7. Zavod za oralnu medicinu
8. Zavod za ortodonciju
-
Zubotehnički laboratorij za ortodonciju
9. Zavod za parodontologiju
Fakultet u svom sastavu ima sljedeće samostalne katedre u nastavnim bazama:
-
Katedra za dermatovenerologiju
-
Katedra za farmakologiju
-
Katedra za fiziologiju
-
Katedra za ginekologiju i opstetriciju
-
Katedra za imunologiju
-
Katedra za infektologiju
-
Katedra za internu medicinu
-
Katedra za kirurgiju
-
Katedra za kliničku mikrobiologiju
-
Katedra za neurologiju
-
Katedra za oftalmologiju
-
Katedra za onkologiju i nuklearnu medicinu
-
Katedra za opću i dentalnu radiologiju
-
Katedra za opće i društvene predmete
-
Katedra za otorinolaringologiju
-
Katedra za patofiziologiju
-
Katedra za patologiju
-
Katedra za pedijatriju
-
Katedra za psihijatriju s medicinskom psihologijom
Katedre medicinskih kolegija koje na temelju vanjske suradnje s Medicinskim fakultetom Sveučilišta u Zagrebu izvode nastavu na Fakultetu su:
-
Katedra za anatomiju
-
Katedra za biofiziku
-
Katedra za biokemiju
-
Katedra za biologiju
-
Katedra za histologiju s embriologijom Katedra za kemiju
-
Katedra za statistiku i informatiku